2016 की महिला चैलेंजर ट्रॉफी में, मंधाना ने इंडिया रेड के लिए उतने ही खेलों में तीन अर्धशतक बनाए, और इंडिया ब्लू के खिलाफ फाइनल में 82 गेंदों में नाबाद 62 रन बनाकर अपनी टीम को ट्रॉफी जीतने में मदद की। 192 रन के साथ, वह टूर्नामेंट के शीर्ष स्कोरर के रूप में उभरी।